Tra il 1954 e il 1970 disputò 395 partite con i tigurini, che condusse a vincere il campionato nel 1966 e nel 1968. E dieci con la Nazionale rossocrociata
Se ne va uno dei giocatori che fecero la storia dello Zurigo. Givedì, all'età di novant'anni è infatti morto Werner Leimgruber, che vestì la maglia dei tigurini tra il 1954 e il 1970, disputando complessivamente 395 partite e realizzando 91 reti.
Nei panni di capitano, il difensore ha portato lo Zurigo a vincere il campionato svizzero nel 1966 e nel 1968, oltre a conquistare la prima Coppa di Svizzera nel 1966. In totale, Leimgruber ha festeggiato tre titoli nazionali e due Coppe. A livello europeo, ha giocato la semifinale della Coppa dei Campioni del 1964 contro il Real Madrid.
A dieci riprese Leimgruber ha pure vestito la maglia della Nazionale. Insieme a Köbi Kuhn e Leo Eichmann, fece parte del trio punito per essere rientrato con mezz'ora di ritardo alla vigilia della prima partita della Coppa del mondo 1966 a Sheffield. I tre giocatori erano stati esclusi dall'allenatore Alfredo Foni per la partita inaugurale, vinta per 5-0 dalla Germania. Leimgruber giocò poi la successiva, persa 2-1 contro la Spagna, che fu anche la sua ultima apparizione con la maglia rossocrociata.